2009年第3期《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics)重点关注了几种致病微生物的相关研究。其中，我所胡松年研究组的张国强等运用新方法对结核杆菌(Mycobacterium tuberculosis)蛋白进行筛选和检测以区分结核病人和卡介苗接种者，取得了良好效果。四川大学鲍锦库研究组根据水平基因转移的理论运用生物信息学方法对稻瘟菌(Magnaporthe grisea)的感染机制进行了分析，并发现了某些可能的水平转移基因。伊朗Shiraz大学的Hassan Mohabatkar等对利什曼原虫(Leishmania major)的10种半胱氨酸蛋白酶序列做了生物信息学分析，为疫苗研发提供了有益帮助。印度的K. Natarajaseenivasan等用系统发生方法分析了钩端螺旋体(Leptospira)外膜脂蛋白编码基因ompL1, lipL32和lipL41的抗原变异性，发现了某些特定差异，对相关疫苗的研发将起到重要作用。
此外，本期还发表了我所基因组科学与信息重点实验室的王大鹏等对替换率变量影响非同义替换率(Ka)和同义替换率(Ks)计算的研究成果，希腊的Pantelis G. Bagos等对膜蛋白结构预测的研究，以及两款生物信息学的应用软件。
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附：本期目录
Articles
In silico analysis of the potential infection mechanisms of Magnaporthe grisea from horizontal gene transfer hypothesis P77-86
Computational analysis of cysteine proteases (clan CA, family C1) of Leishmania major to find potential epitopic regions P87-95
Evolutionary implication of outer membrane lipoprotein-encoding genes ompL1, lipL32 and lipL41 of pathogenic Leptospira species P96-106
Screening and assessing 11 Mycobacterium tuberculosis proteins as potential serodiagnostical markers for discriminating TB patients from BCG vaccinees
P107-115
How do variable substitution rates influence Ka and Ks calculations? P116-127
How many 3D structures do we need to train a predictor? P128-137
Application Notes
PBOND: web server for the prediction of proline and non-proline cis/trans isomerization P138-142
3D Genome Tuner: compare multiple circular genomes in a 3D context P143-146 |
