2009年度北京基因组研究所多个“973”项目及课题获得科技部资助，与往年相比，取得了较大的进步。其中刘斯奇研究员作为首席科学家牵头的《蛋白质组海量质谱数据的解析及其在人类基因组注释中的应用》获得了资助。该项目集合了中科院计算所、复旦大学、上海生物信息技术研究中心等相关单位。

同时，本年度还有3项我所作为课题负责人的项目也获得了资助。分别是于军研究员项目组的张晓伟高级工程师承担的《禽流感病毒遗传变异分析》和肖景发副研究员承担的《木薯基因组注释与信息整合》，以及刘斯奇研究员项目组的陈唯军副研究员承担的《RA相关新型自身抗原鉴定及修饰特点研究》项目。另外曾长青研究员项目组作为一个课题的参加单位也获得了“973”项目的资助。